4. E quindi: Se prevalgono nella F2 i fenotipi parentali, la trasmissione dei due geni non è indipendente : geni associati sul cromosoma Se compaiono nella F2 fenotipi non parentali, l’associazione dei geni sul cromosoma non è completa, e gli alleli possono essere riassortiti da fenomeni di ricombinazione
5. Come indicare alleli associati a + b a + b a + b a b + a b a + b + Disposizione degli alleli: trans cis (repulsion) (coupling) La posizione occupata da un allele di un certo gene sul cromosoma si chiama locus
6. Cromosomi (e fenotipi) parentali e ricombinanti A b a B a b a b X Ab, aB = parentali AB, ab = ricombinanti
8. Esperimento di Barbara McClintock (1931) in Zea mais C: seme colorato, c: non colorato Wx: amido normale, wx: amido waxy Anche: carnation, Bar in Drosophila
17. Mappe genetiche Se il crossing over si verifica in punti casuali del cromosoma, la ricombinazione sarà più frequente fra loci distanti e meno fra loci vicini A B C bassa probabilità alta probabilità di crossing over di crossing over La percentuale di ricombinanti può essere utilizzata per quantificare la distanza fra loci associati: 1 Morgan (1 M) = 100% di ricombinazione 1 centiMorgan (1 cM) = 1% di ricombinazione
18. Il mezzo ideale per studiare associazione e ricombinazione è il reincrocio
19. Il mezzo ideale per studiare associazione e ricombinazione è il reincrocio Rapporti fenotipici attesi (diibrido): 1: 1: 1: 1 F(P) = F(NP) = 0,5 Se c’è associazione: F(P) > 0,5, F(NP)<0,5
20. Reincrocio Aa Bb X aa bb Frequenze fenotipiche: AB Ab aB ab TOT Osservate 78 122 118 82 400 Attese 100 100 100 100 400 Difetto Eccesso Difetto
21. Reincrocio Aa Bb X aa bb Frequenze fenotipiche: AB Ab aB ab TOT Osservate 78 122 118 82 400 Attese 100 100 100 100 400 I fenotipi Ab e aB sono presenti in frequenze superiori all’attesa Perciò Ab e aB sono i fenotipi parentali: La distanza fra locus A e locus B è d = NR / NT = =(78+82)/400 = 0,4 e cioè 40 cM A b a B A B a b
22. Ma attenzione: NR non può essere > ½ NT (in questo caso, si considerano i geni indipendenti) Per cui d MAX = 0,5.
23. Se tutti i cromosomi subiscono crossing-over alla meiosi, la frequenza di ricombinazione è del 50% La frequenza di ricombinazione è metà della frequenza di crossing over
25. Tre caratteri in Drosophila Crossveinless ( cv ) Vermillion ( v ) Cut ( ct )
26. Incrocio a tre punti v v cv cv ct ct X v + v + cv + cv + ct + ct +
27. Starting with the v and cv loci, we see that the recombinants are of genotype v · cv and v + · cv + and that there are 45 + 40 + 89 + 94 = 268 of these recombinants. Of a total of 1448 flies, this number gives an RF of 18.5 percent. L’incrocio può essere riscritto come v + ct cv / v ct + cv + × v ct cv / v ct cv . For the v and ct loci, the recombinants are v · ct and v + · ct + . There are 89 + 94 + 3 + 5 = 191 of these recombinants among 1448 flies, so RF = 13.2 percent.
28. Interferenza Se i crossing over, CO, fossero indipendenti: P(doppio CO) = P(CO v-ct) x P(CO ct-cv) = = 0.132 x 0.064 = 0.0084 Doppi crossing over attesi, DCA = 1448 x 0.0084 = 12 Doppi crossing over osservati, DCO = 8 cc = coeff. di coincidenza = DCO/DCA = 0.67 I = interferenza = 1 – cc = 0.33
38. Caccia ai geni-malattia attraverso studi di associazione: associazione con la schizofrenia bipolare Segurado et al. 2003, Am. J. Hum. Genet.
39. La caccia ai geni-malattia attraverso studi di associazione ha dato risultati poco esaltanti Diabete di tipo 2: Associazioni (confermate e non confermate) con regioni dei cromosomi 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 15, 16, 17, 20, 21 e X Alzheimer: 1, 2, 5, 6, 9, 10, 12, 13, 14, 19, 20, 21 e X Cancro alla prostata: 1, 2, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 16, 17, 18, 19, 20, 22, X Eterogeneità genetica, problemi con le popolazioni
40. Se la popolazione è strutturata, e la malattia è tipica di un certo gruppo, si troverà associazione per tutte le regioni di DNA in cui i gruppi sono diversi pazienti controlli (prevalentemente europei) (prevalentemente non europei)
41. Effetti di geni multipli I principali 20 geni che hanno effetto sulla statura spiegano il 3% della varianza. Si stima che ci debbano essere circa 93000 geni per la statura. TCF7L2 Il rischio relativo di fratelli di affetti è 300%. A parte TCF7L2, i principali geni noti aumentano il rischio dello 0.5%. Si stima che ce ne debbano essere più di 600.
42. Una risorsa online: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9606
50. Risultati ≠ ≈ ≠ ≈ 5 5 Piacevolezza P =0.040 Ricorda un partner P =0.038 Conclusioni Anche al giorno d’oggi, la scelta del partner è associata ad alleli di loci HLA, o di loci che occupano posizioni vicine sui cromosomi.
51. Meccanismo della ricombinazione (Modello di Holliday, rottura nella doppia elica) NB: nel libro è presentato il modello con rottura di elica singola Eteroduplex: appaiamento temporaneo di eliche non complementari
![Sintesi 13 ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]](data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAAAAAP///yH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAIBRAA7)