Questo luogo venne scelto da un monaco benedettino di nome Gerardo. Gerardo fu un nobilissimo cavaliere di nascita milanese, nel periodo in cui visse, intorno al mille dopo Cristo, vi fu un risveglio della cristianità e si moltiplicarono i monasteri posti nei crocevia e sulle vie di passaggio come mete di pellegrinaggio verso Roma e la Terra Santa. Gerardo divenne monaco nel monastero benedettino di Cluny, richiamato dalla Francia in Italia da David priore del monastero di San Paolo In Lombardia (San Paolo d'Argon Bergamo), si trovò a sostare nella Terra di Vertemate allora Pieve di Fino. Il monaco Gerardo rimase affascinato dalla bellezza di questa terra e chiese il permesso ai nobili del castello di Vertemate di potersi fermare e costruire un monastero. Correva l'anno 1083, ed il benedettino insieme ad altri monaci trovarono un riparo in un angolo di una antica fortezza ed iniziarono l'opera di costruzione. L'allora diocesi di Como era rappresentata dal vescovo Rainaldo, il quale appoggiò economicamente i monaci, per favorire la diffusione del cristianesimo. E' noto l'atto di fondazione, che risale al 1084, la Badia di Vertemate venne dedicata dai monaci cluniacensi a San Giovanni Battista e la Chiesa in onore di Santa Croce. In data 1256 venne fatto un elenco dei monasteri benedettini appartenenti alla diocesi di Como, questo luogo è indicato come Priorato di San Giovanni Battista. La storia nell'Altomedioevo che coinvolse questi territori di confine è piena di scontri e "zuffe" tra i comaschi ed i milanesi, ed i documenti ricordano il passaggio di Federico Barbarossa e la distruzione nel 1259 di alcune torri appartenenti all'ancora esistente castello di Vertemate e dei villaggi limitrofi. Ristabilita la pace, il podestà e i nobili della città di Como tacciarono i monaci di aver cospirato con i milanesi e nel 1287 effettuarono la demolizione del monastero, smantellandone sino alle fondamenta, lasciarono intatatta però la Chiesa della quale non toccarono nessuna pietra.