I corsi d'acqua sono uno dei 7 ambienti individuati nelle Riserve naturali provinciali. 

Sono compresi corpi idrici dalle caratteristiche molto diverse per portata d'acqua, pendenza e tipologia del substrato,  vegetazione delle rive, accomunati dalla presenza di acque correnti:

• tumultuosi torrenti che prorompono dal fronte glaciale
• sorgenti di alta quota
• torrenti di fondovalle montano
• placidi corsi che solcano le vallate principali

Un tipo di ambienti d'acqua corrente che sfugge alla classificazione longitudinale è la risorgiva pedemontana. Le sue caratteristiche molto particolari - la brevità del corso,  l'origine da sorgenti di bassa quota - impediscono di inserirla nello schema sorgente-torrente-fiume. Lo scaturire delle acque dopo lunghi tragitti sotterranei conferisce loro alcune caratteristiche che ne influenzano fortemente anche la comunità biologica. L'acqua, che sgorga generalmente alla base di grandi pareti rocciose all'intersezione con la pianura o il fondovalle, in alvei spesso regolarizzati dall'opera dell'uomo (sono le cosiddette fosse), ha temperatura e caratteristiche chimiche tendenzialmente costanti per tutto l'anno. I sali disciolti sono molto scarsi a causa del brevissimo tragitto percorso in superficie. La trasparenza elevatissima e la costanza della portata consentono lo sviluppo di una florida e variegata vegetazione sommersa, che costituisce anche la principale fonte alimentare per molti organismi invertebrati di fondo. Questi, a loro volta, sono l'essenziale fonte di cibo per il particolare popolamento ittico della risorgiva.

In linea generale, lungo il suo tragitto un corso d'acqua va incontro ad un progressivo arricchimento della sua comunità biologica, sia per quanto riguarda la fauna che per la flora.

Quando i torrenti raggiungono i fondovalle montani e quelli delle vallate principali, l'impeto dell'acqua diminuisce notevolmente e così pure la sua capacità di rimaneggiamento dei detriti e ringiovanimento dell'alveo: sul greto si possono così instaurare delle comunità vegetali varie e abbastanza stabili.  Anche se nel corso dell'estate i greti si mostrano in gran parte asciutti, le piante che vi crescono possono disporre dell'acqua presente tra i materiali alluvionali, in quanto la falda freatica è sempre vicina alla superficie. Queste fitocenosi sono di regola caratterizzate dalla presenza di salici a foglie strette, principalmente Salix purpurea, S. eleagnos, S. viminalis e S. triandra, tutte specie che assumono di regola un portamento arbustivo o di basso albero. Tra i salici crescono varie piante pioniere, quali Glyceria plicata, Agrostis tolonifera, Phalarisarundinacea,  Calamagrostis epigejos, Petasites hybridus e Tussilago farfara. In acqua, nei tratti con debole corrente, è frequente il crescione d'acqua (Nasturtium officinale). Il saliceto a salice ripaiolo (Salix eleagnos) può essere considerato uno stadio precursore del bosco a ontano bianco, tuttavia le fitocenosi dei greti evolvono raramente in formazioni arboree, dal momento che periodicamente le piene rimodellano l'alveo cancellando o quasi la vegetazione. I boschi di salice bianco (Salix alba) rappresentavano la vegetazione ripale tipica dei fiumi, ma sono stati quasi totalmente distrutti dai capillari interventi di arginazione e canalizzazione delle acque, che non hanno risparmiato nemmeno i corsi secondari, snaturando profondamente le caratteristiche della loro preziosa flora.

I corsi d'acqua, soprattutto quelli con maggiore portata, sono sicuramente tra gli ambienti più importanti per l'avifauna. La presenza dell'acqua infatti rappresenta una garanzia per quanto riguarda le possibilità di alimentazione, che a seconda delle specie può orientarsi verso gli invertebrati, i pesci, la componente vegetale o altro. Se il corso d'acqua è dotato di una fascia di vegetazione ripariale, questa può costituire un ottimo sito nel quale condurre la nidificazione.

Nei torrenti montani, che hanno acque piuttosto povere di nutrimento e mostrano condizioni estreme di velocità di corrente e turbolenza, è diffusamente presente solo la Trota fario, che se ne sta per lo più nelle piccole buche comprese tra cascate e rapide, talora affiancata da poche altre specie.  I torrenti di fondovalle, invece, nei quali alle rapide si alternano frequenti e ampie buche, presentano una diversità ittica un po' maggiore e una produttività decisamente più elevata. Qui l'assenza di turbolenza e le temperature estive un po' più elevate consentono l'insediamento stabile di un maggior numero di specie ittiche rispetto ai torrenti. Molti ciprinidi, infatti, pur sopportando anche acque fredde, riescono a portare a termine con successo la riproduzione soltanto in presenza di temperature superiori ai 15°C. Dunque, alla presenza, che rimane dominante, dei Salmonidi, quali la Trota marmorata e il Temolo, si aggiunge quella di molti ciprinidi, detti reofili (=amanti della corrente), come il Barbo comune e il Pigo, ma anche della Tinca, del Luccio e di altre specie marginali. Nelle risorgive pedemontane le specie stabilmente presenti non sono molte. Essendo per lo più in comunicazione diretta con il fiume, tuttavia, e in virtù delle loro caratteristiche, le risorgive vengono risalite da diverse specie durante il periodo riproduttivo. Così avviene, ad esempio, per il Luccio, che trascorre la fase trofica dentro il fiume, ma per deporre le uova si porta in questi ambienti periferici ricchi di vegetazione.

I corsi d'acqua brulicano di una vita nascosta formata da una schiera sorprendente di piccoli invertebrati che per la maggior parte vivono saldamente ancorati alle pietre del fondo. Vi sono innumerevoli specie, che posseggono anche l'importantissima funzione di contribuire, consumando le sostanze organiche, alla depurazione naturale del corso d'acqua.

Le specie di mammiferi che frequentano gli ambienti acquatici sono numerose, ma tale frequentazione è quasi sempre occasionale, legata alla ricerca di cibo o al ruolo di "corridoi faunistici" posseduto dai corsi d'acqua.  Un vero e proprio legame con i corsi d'acqua è invece mostrato dal toporagno d'acqua, un "micromammifero" poco conosciuto ma caratterizzato da un modo di vita di straordinario interesse.

I Rettili sono vertebrati legati di norma agli ambienti caldi e assolati e per questo motivo non sono frequentatori abituali dei corsi d'acqua. La sola eccezione è rappresentata dalla Natrice tassellata, un serpente che trova nei fiumi e nei torrenti di bassa quota il suo habitat preferito.

I corsi d'acqua sono ambienti poco idonei alla presenza degli Anfibi, che in genere occupano gli habitat di acqua stagnante. L'acqua corrente infatti non viene utilizzata per la deposizione delle uova, in quanto queste rischiano di essere trasportate lontane. Il solo Anfibio strettamente legato a questa tipologia ambientale è la Salamandra pezzata, che utilizza i ruscelli per deporvi le proprie larve.