Jimmy Neutrón olvida guardar sus pantalones, y su madre se lo dice miles de veces, pero como el hace experimentos y no tiene tiempo de guardarlos, crea un nano-chip que se lo inserta al pantalón para que se guarden solos, pero ese pantalón obtiene mente propia, y con otro ejercito de pantalones intentan conquistar retroville.

Jimmy Neutrón cansado de ser genio todo el tiempo, crea un invento para volverse "normal", pero todo se pone fuera de control al moverse accidentalmente a "como simio" y la ciudad esta en grave peligro por la llegada de un meteoro y tienen que volverlo a ser genio para salvar a la retroville.

Jimmy Neutrón y Cindy Vortex compiten en un concurso de vender chocolates, porque el ganador iria a la ciudad retro gratis. y como ve que cindy lleva mucha ventaja y Jimmy no ha vendido nada, entonces crea al robot Willie Loman 3000 para que le ayude a vender, luego de vender 1000 piezas, decide vender a todo al que se encuentre, incluido el propio jimmy.

Jimmy quiere que Carl y Sheen prueben sus nuevos inventos, pero ellos no estaban disponibles, y cuando ve que otros niños convivian con sus hermanos decidio pedir un hermano, y sus padres al no darselo, se construyo uno, pero era demasiado molesto que intento deshacerse de el, y al final, les construyo su familia y se fueron a vivir a la luna.

Cindy habla sobre la invención del Radio, pero Jimmy le contradice, diciendo que sin electricidad no se pudo haber inventado, pero Cindy no le cree, entonces jimmy trae del pasado a Thomas Edison, pero Thomas se enamora de la Señorita Ave y como se queda en el presente, la electricidad desaparece porque borro al inventor, ahora deben regresarlo al pasado.

Sus padres se van a una segunda luna de miel, y ellos mandan a la abuela a cuidar a Jimmy pero en realidad Jimmy la va a cuidar, pero sus quejas sobre la edad hacen que el crea un suero de juvenecimiento, pero juvenece demasiado que se convierte en un bebé, pero sabiendo que le prometio a sus padres no experimentar con ella, debera regresarla a su edad antes de que lleguen.

Jimmy quiere comprar la hiper-enciclopedia de 1000 volumenes, pero no tienen dinero, al enterarse que Hugh Neutrón pudo ser rico si invertia sus ultimos 50 dolares con McSpanky.

Viaja al pasado con Carl y Sheen y convencen al joven hugh a invertir con McSpanky, ademas de darle consejos para su futuro el.

Pero se da cuenta que el dinero no lo era todo, y regresa al presente, al final se entero que esos ultimos 50 dolares eran para el anillo de compromiso de Judy.

Jimmy Neutrón y Cindy hacen un proyecto de ciencias, que es en este caso el tesoro del Oozy Scab, fue preguntándole a los peces donde estaba el tesoro, pero no logro información interesante, entonces Cindy decide encargarse, pero un calamar evito por un momento lograrlo.

Al final Jimmy se decepciona porque el tesoro solo contenía bocaditos de mar salados, en lugar de oro.

Jimmy Neutrón viaja a través del sueño de Carl, pero sufre por el mismo y trata de escapar haciéndolo despertar, por lo que tuvo que besar a Cindy Vortex para poder salir del sueño de Carl.

Para el concurso de talentos, Jimmy, Carl y Sheen buscan no repetir los mismos, y forman una banda para tratar de vencer a Cindy y Libby con su popular baile stomp, gracias a los instrumentos musicales que jimmy realiza, hacen que toquen muy bien, y se hacen llamar Lords llama de la ciencia (combinacion de los 3 gustos de ellos).

Pero la fama se les sube a la cabeza antes de tiempo, y pierden al no realizar la tocada y hacer otra cosa.

Jimmy Neutrón frustrado de quedar en ultimo lugar en las carreras de la escuela que realiza el entrenador gruber, ademas de su deseo de vencer a Cindy, utiliza una combustión de silicon térmico en sus tenis, al principio le resulto divertido y hasta incluso lo hacia verse invisible y humillar a Cindy, pero el ciclo se siguió repitiendo y no pudo parar, no tuvo de otra mas que hacer que se le salieran los tenis, pero tuvo una horrible consecuencia, quedar en masa desconocida al ver que su masa muscular no se formo del todo.

Jimmy Neutrón intenta leer sus pensamientos con un aparato pero Cindy lo deja en ridiculo, como venganza con su propio invento averiguara que estara pensando cindy, para evitar ser burlado por ella, pero un rayo hace que intercambien cuerpos, ahora jimmy esta en el cuerpo de cindy y viceversa, ahora deberan regresar a sus respectivos cuerpos porque ya no pueden estar ni un minuto más.

Nick Dean les cuenta a los de la escuela la leyenda del Fantasma de Retrolandia, pero Jimmy no cree en mitos y averigua si en realidad existe ese fantasma o es solo un mito.

Carl trae al laboratorio de Jimmy un hámster llamado Señor Googles, pero por accidente intercambian atomos jimmy y el animalito, haciendo que jimmy sea el hámster y viceversa, ahora el debera arreglar su cuerpo antes de que venga su mama Judy Neutrón.

debido a la mudanza de Chuck Lester (antiguo monitor escolar) a Grecia, la Escuela Primaria Lindbergh decide escoger al nuevo monitor, Carl soñaba con ser monitor pero no pudo lograrlo, el primero en ser escogido fue Jimmy Neutrón, al principio detestaba la idea, pero cuando el director le dijo que Einstein fue monitor, y el miedo que puso en algunos, hizo que cambiara de idea, pero abuso de su poder en demasia, renunciando a su cargo, pero no lo dejaron, entonces dejo que lo despidieran.

Jimmy Neutrón le pide prestado algunas cosas del juego de quimica de Carl, pero al no tenerlas tendria que esperar hasta su cumpleaños para pedirle el superjuego de quimica, pero no lo hace ya que crea el Hypno-Rayo para hipnotizar a sus padres y creer que mañana es el cumpleaños de Jimmy, pero se sale de control al ya festejarle 10 fiestas seguidas y quererlo enviar a la Universidad en temprana edad.

Jimmy y sus amigos van a la dulcería de Sam, al no saber que escoger y ellos pensar en un nuevo dulce, Jimmy intenta crear uno, al principio todos los que presento sabían muy mal, pero llevo el lote nuevo creado en la mañana, y resulta que les gusto tanto, tanto que harían lo que fuera con tal de tener uno. de pronto en convirtió en una adicción de los habitantes, y no tuvo remedio que poner el toque eléctrico a los dulces, volviendo así a la normalidad.

Jimmy clona una planta de 64 millones de años, pero dicha planta le salen sus semillas, mismas que fueron alteradas por el distorcionador de atomos, y hacen que la señorita ave sea una mujer-planta gigante, ahora Jimmy debera volverla a la normalidad.

Terry Finster abusa y molesta a Jimmy quitandole su almuerzo, pero Jimmy cambia la jugada y trae 2 almuerzos, pero es vilmente golpeado por el, asi que Jimmy mejor decide crear a los Nanobots para que lo defiendan, al principio ahuyenta a Terry, pero despues los Nanobots castigan a todo aquel que "lastime" a Jimmy, ahora el es el abusivo.

A Sheen le roban su muñeco de ultra-lord en el parque y Jimmy resolvera el crimen con la ciencia, los sospechosos son Cindy, Judy, Nick y la ardilla, pero descartan a la ardilla porque creen que no se llevan muñecos.

Pero al final de cuentas siempre si fue la ardilla, que utiliza a Ultra-Lord como cascanueces.

Jimmy crea un parche que hace que estés enfermo, pero sin realmente estarlo, (lo hizo para no ir a la escuela) pero esto creo eco entre la mayoría de los alumnos de la Escuela Primaria Lindbergh para tampoco ir a clases, pero todo sale mal cuando el parche se disuelve y estar realmente enfermos. Jimmy deberá ir al cuerpo de Carl (que es el mas inestable) a extraer la mitocondria o el virus para realizar un antídoto. al ser curados todos, deciden nunca volverse a enfermar para evitar que los curen de manera peligrosa.

Jimmy, Hugh y sus amigos van de campamento, el objetivo de Hugh es que Jimmy no use tecnologia y que disfrutaran de la naturaleza, pero Jimmy y sus amigos se aburren y Jimmy realiza un campamento virtual, con TV y Sillón, Hugh se decepciona al ver que no le interesa la naturaleza, luego son atacados por oso hasta que son salvados por Goddard y Judy.

Los padres de Jimmy iran a ver el recital de Patos, y dejan a Jimmy Neutrón solo en casa, hasta que Sheen y Carl al enterarse de la situación deciden hacer una fiesta, y Jimmy acepta solo si viene Betty Quinlan. increiblemente también fueron a la fiesta Cindy y Libby, de primera Jimmy quiso hacer una fiesta "cientifica", pero Sheen la anima con los inventos de Jimmy, ahora Jimmy debera terminarla y limpiar el desastre antes de que lleguen sus padres.

Jimmy inventa un emulador de juegos virtual, y quieren que Carl y Sheen traigan su juego preferido para que lo ayuden a probar, pero Sheen ya tenia su juego de UltraLord, y combatio junto a su idolo contra el Roboenemigo, pero Carl complica todo al aumentarle el nivel al juego, pero agrega a la historia su juego de llamas llamado LlamaPalooza y le ayuda a Jimmy y Sheen a ganar el juego y salir.

el director de la Escuela Primaria Lindbergh planea realizar un programa para el nuevo inversor de la cadena, y Jimmy consigue el suyo debido a los estatutos de ser un programa educativo, pero todo se sale de control, pero resulta que al nuevo inversor no le gusto ningun problema o segmento de baile, hip hop y ciencia, si no el de marionetas de Sheen.

Carl encuentra en la escuela una dona rellena de fresa a medio comer, y la Señorita Ave sospecha que fue su ex-alumno Finbarr Calamitus y que regreso para buscar venganza, pero el busca a Jimmy para que le termine los inventos, primero secuestrando a Goddard haciéndose pasar por un limpiador de chimeneas, pero a su robot le faltaba agregar el baño y no aguanto más y fue derrotado.

Jimmy y Hugh siempre quedan ultimos en la competencia escolar de padres e hijos, asi que Jimmy para intentar ganar y derrocar a la familia de Cindy, crea la banda electromagnetica que hace que Hugh tenga buenas habilidades, Cindy descubre el punto del invento y lo arruina, pero quedan descalificados al ver que su madre en realidad era la tia disfrazada, y como todos hicieron trampa en el rally, ganan Carl y su padre.

Jimmy invita a sus amigos a una pijamada, despues de que Sheen trajera a Ultra-Lord y Carl a una llama, les presenta su invento exclusivamente para la velada, el Pijamatron 9000, que te da pelea de almohadas, fabrica pizza y cuenta historias de super miedo.

En un momento de la noche (que realmente fue un sueño multiple) carl descompone el aparato y fabrica una pizza monstruo del dr.dark y los atormenta toda la noche.

Jimmy y su padre iban a participar en el concurso de padres e hijos, pero el hijo no lo haria debido a que su padre lo humillaria si presenta su recital de Patos.

Asi que, decide volverlo de "Onda" con un invento suyo, pero se vuelve tal de onda, que olvido por completo su personalidad anterior. Jimmy debera volverlo a la normalidad antes de irse de gira o lo perdera durante su adolescencia.

Jimmy, Carl, Sheen, Cindy, Libby, and Goddard blast off into space in Jimmy's newly invented spaceship to mine for aster-rubies while fighting off space bandits and their own greed.

Jimmy crea un aparato para alterar el tiempo, y utiliza a Cindy y Libby como prueba para ver si funciona, esto llamo la atención de Hugh y por error mando a Jimmy y amigos a 2 millones de años atras, aprovecha su ausencia para jugar con el tiempo y espacio.

Mientras Jimmy y los demas buscaran la manera de regresar a su epoca, siendo ayudados por Leppy, al final de cuentas al regresar a su epoca, Jimmy y sus amigos pensaron que cambiaron la linea del tiempo, la cual no fue cierto, si no Judy castigo a Hugh por jugar con el tiempo.